Với thực dân Pháp, Côn Đảo là nơi lý tưởng có khả năng đáp ứng tốt nhất những nhu cầu đối với một nhà tù: với bốn bề là biển mênh mông, cách biệt với đất liền, không có phương tiện, người tù khó bề trốn thoát. Khi bị giam trên đảo người tù sẽ bị cắt đứt mọi quan hệ với người thân, bên ngoài xã hội và không thể chống đối được. Mặt khác, là nơi hoang vắng, nên thực dân Pháp có thể thi hành bất cứ những biện pháp đàn áp dã man, có thể che đậy được với dư luận thế giới bên ngoài. Hơn thế, Côn Đảo là nơi dân cư thưa thớt, nguồn lợi tài nguyên lại thuận lợi nên chúng có thể bắt tù nhân lao động khổ sai để khai thác, bóc lột và đày đọa phục vụ nhu cầu sinh hoạt tại chỗ cho cả hệ thống nhà tù.

Nhà tù Côn Đảo được đô đốc Bonard ở Nam Kỳ ký quyết định thành lập ngày 1/2/1862 để giam những tội nhân mang án từ 1 đến 10 năm. Phó hạm trưởng Félix Roussel được chỉ định làm chỉ huy trưởng quần đảo kiêm quản đốc đầu tiên của Nhà tù Côn Đảo. Ngày 31/01/1873 thống đốc Nam kỳ Dupré ra nghị định ban hành quy chế riêng cho đề lao Côn Đảo. Sau nhiều năm thi hành bổ sung và sửa đổi, bản quy chế hoàn chỉnh nhất, gồm 20 chương, 109 điều được ban hành vào ngày 17/5/1916. Bản quy chế này được áp dụng cho đến ngày cáo chung của thực dân Pháp trên bán đảo Đông Dương.

Hệ thống nhà tù trong 113 năm (1862-1975), được xây dựng với 117 phòng, 44 xà lim, 504 phòng “biệt lập chuồng cọp” và 18 Sở tù. Được chia thành các trại Phú Hải (trại 2), Phú Sơn (trại 3), Phú Thọ (trại 1), Phú Tường (trại 4), Phú Phong (trại 5), Phú An (trại 6), Phú Bình (trại 7), Phú Hưng (trại 8), Biệt lập Chuồng Cọp Pháp và trại an ninh chuồng bò. Trong đó, trại Phú Hải được xây dựng vào năm 1862, chỉnh trang kiên cố năm 1896. Đây là trại giam lớn nhất và cổ nhất ở di tích lịch sử Côn Đảo. Các trại khác đều có nhiều phòng giam, khu tra tấn, hành hạ người tù dã man và tàn độc.

Ngoài ra còn có 18 Sở tù gồm Sở Lưới, Sở Ruộng, Làm đá, Kéo cây, Chuồng Bò, Lò gạch, Lò vôi, Sở muối, Bản chế, Sở tiêu, Rẫy An Hải, Cỏ ông, Hòa Ni, Bông Hồng, Rẫy Ông Lớn, Ông Đụng, vệ sinh và sở Đất Dốc. Các Sở này xuất hiện đồng loạt để cải tạo người tù bằng những hình thức lao động khổ sai... phục vụ toàn diện các mặt đời sống cho bộ máy hành chính của thực dân, đế quốc và đời sống người tù trên đảo.

Sở Muối là một trong 18 Sở tù lao động khổ sai thời thực dân Pháp. Đây là nơi giam giữ và đày ải tù nhân lao động khổ sai làm muối ăn cung cấp cho toàn đảo. Tại đây lúc cao điểm, lúc cao điểm có khoảng 600 tù nhân tham gia làm muối.

Năm 1940, đồng chí Lê Hồng Phong bị phạt làm lao động khổ sai và bị cầm cố tại xà lim Sở Muối.

Thời Mỹ - Ngụy, năm 1970 sau khi Chuồng Cọp Pháp bị phát hiện, địch đã chuyển gần 200 tù nhân đều bị bại lết về Sở Muối giam giữ. Tại đây, người tù phải chịu khổ sai, bị bóp xiết đời sống đến cùng cực: không cho ăn thịt cá, tù nhân phải lết đi tìm rau dại để ăn, ban đêm người tù phải trùm hết mặt mũi vì gió cát rất dữ dội... Sống trong cảnh bị đạo đày, các tù nhân đã tổ chức đấu tranh giăng biểu ngữ đòi dân sinh dân chủ, buộc địch phải nhượng bộ yêu sách và chuyển tù nhân bại lết về giam giữ tại Chuồng Bò. Cuộc đấu tranh của tù bại lết ở Sở Muối đã mở đầu cho cuộc đấu tranh Đồng Khởi tháng 8 năm 1970 của tù nhân Côn Đảo.